על פי הוראות רשם העמותות (נוהל ניהול תקין) עמותה רשאית לקיים תכנית מלגות לשם קידום מטרותיה, ובלבד שיחולקו על פי קריטריונים קבועים, שווים, ברורים ופומביים, כפי שיאושרו באסיפה הכללית של העמותה.
החוק אינו מגדיר במפורש מה מותר ואסור בנושא זה, אך עדיין קיימות הנחיות שונות שיש להיות ערים להן, הן של רשם העמותות והן של משרדי ממשלה אחרים , פס"ד ופרקטיקה מקובלת.
להלן מס’ עקרונות מנחים להתנהלות נכונה ותקינה בעת חלוקת מלגות-

כפוף למטרות העמותה – עמותה יכולה לחלק מלגות רק אם במטרותיה מצוינת מטרה כגון מתן מלגות למצטיינים או כולל אברכים וכן הלאה.
אין ולא תהיה אפשרות לתשלום מלגות באופן מותר בדרך אחרת כל שהיא.
יודגש, כי הנחיות הרשם אינן מחייבות לרשום את מתן המלגות כאחת ממטרות העמותה. יחד עם זאת, כאמור, יש לוודא כי מתן מלגות מתיישב עם מטרותיה הרשומות של העמותה.

קריטריונים – מתן מלגות בעמותה יתבצע בהתאם לקריטריונים קבועים, שוויוניים ופומביים.
חריגה מהקריטריונים –מתן תמיכה בסכום שונה מהמקובל אפשרי ככל שיש הסבר, כפוף לקריטריונים.
חשוב כי במערכת הכספים יהיה תיעוד מסודר לגבי כל תמיכה שסכומה גבוה מהממוצע.
החלטה חריגה תמיד תתקבל על ידי שניים או יותר ולא על ידי יחיד.

נוהל רישום ומעקב – על פי הנחיות הרשם, על עמותה המקיימת פעילות משמעותית בתחום מסוים לדאוג לקיומם של נהלים מקצועיים ומפורטים בכתב.

ככל שהעמותה מקדמת יותר תכניות לחלוקת מלגות ועיקר פעילותה מורכב מחלוקת מלגות ומענקים, כך מצופה ממנה שתדאג להסדיר את אופן הפעילות באמצעות נוהל מסודר וברור, בין היתר, בכדי למנוע אפליה או ניגוד עניינים בעת חלוקת המלגות.

הנוהל יוגדר, יותאם ויכלול רמת פירוט בהתאם להיקף הפעילות של העמותה. כמו כן, הנוהל יתווה הליך מסודר בכל הנוגע והקשור להגשת בקשה למלגה, קיומם של גופים או מוסדות בעמותה שיהיו אמונים על בחינת בקשת המלגות ואישורן, ועדת ערר (במידת הצורך ובהתאם לרלוונטיות) ובקרה על תשלום לגורם או האדם הזכאי שאושרה לו המלגה.

רצוי לקבוע ועדה שיואצלו לה סמכויות האסיפה הכללית בעניין חלוקת המלגות. במסגרת תפקידה תצטרך הוועדה לפקח על חלוקת המלגות בעמותה.

על וועדה זו להתכנס מידי תקופה ולבחון את חלוקת המלגות על פי הנהלים. בסיום בחינת הזכאות הספציפית של אדם מסוים לקבלת מלגה, תורה הוועדה לחברי הוועד המנהל של העמותה מי זכאי לקבל את המלגה ומה סכומה.

מבחן הזיהוי בין מלגה לשכר והכרה במלגה כהכנסה הנכללת בבסיס המס-
המבחן העיקרי, מבחן התמורה – העיקרון העומד מאחורי החלטה אם למסות את מקבל המלגה הוא אם קיימת תמורה או זכות למשלם המלגה מאת המקבל – או אז תהא המלגה חייבת במס אם מכוח סעיף 2(2) לפקודה ואם מכוח סעיף 2(10) לפקודה.
לדוגמא :מלגה לאברכים הלומדים לשם שמיים אשר לעמותה אין חובה לשלם להם את המלגה, והאברכים אינם מחויבים ללמוד ויכולים לפרוש מהלימודים בעל עת ולא מתקבלת מהם כל תמורה לעמותה – לא תהיה חייבת במס. לעומת זאת, מלגה לאברכים בעבור שיעורי עזר שהם נותנים, בעבור עבודות מנהל, הוראה, כתיבת מחקר, חיבורים תורניים או שירות אחר במסגרת העמותה או מטעמה למוסדות אחרים – היא הכנסת עבודה החייבת במס לכל דבר ועניין.
יודגש , כי אף שנותן המלגה לא היתנה את מתן המלגה בקבלת תמורה, ממקבל המלגה, והסתפק בהעלאת "ציפייתו" ממקבל המלגה כי זה ימלא אחריה, במישורים של בלעדיות תוצר ומעורבות, בנסיבות ענייננו, הדבר נחשב כמתן תמורה.
מבחן הזמן –במבחן הזמן, במידה והמלגות ניתנו כצופים פני עתיד ולא כצופי פני עבר – כפרס על פועלם אשר אינו תלוי בהתחייבות או בדבר אחר הדבר – מדובר בהכנסה החייבת במס
ככל שמדובר במלגה החייבת במס בידי מקבלה, חלה חובה על העמותה לנכות מס במקור. ככל שמתקיימים יחסי עובד מעביד יש לדווח ולשלם דמי ביטוח לאומי בהתאם.

מלגה למקבלי משכורת – אין מניעה לשלם מלגה למי שמקבל שכר בעמותה אולם חשוב להקפיד כי תשלום השכר והמלגה יעשו כל אחד בהתאמה לתפקיד ובסבירות ביחס לעובדים האחרים ומקבלי המלגההאחרים. זאת על מנת שמס הכנסה לא יבקש לראות בתשלום המלגה כחלף שכר.
מעבר להקפדה יתירה של שיקוף שווי שוק אמיתי והתאמה לקריטריונים חשוב להקפיד על הפרדה בצורה מובהקת בין שני התשלומים. הפרדה של שעות אחרות או הפרדה של תפקיד מוגדר שונה לחלוטין. כאשר אין אפשרות לבצע הבחנה מובהקת,
על השכר כמובן חלים כל כללי דיני עבודה. הודעה לעובד ותשלום שכר כחוק, וכן גיליון נוכחות
למרות הנ"ל, מומלץ לא לשלם לאותו אדם גם שכר וגם מלגה מאחר ומס הכנסה יתקשה לקבל אבחנה לא מבוססת.
במידה ומדובר באברך המדווח בתלמוד יש להקפיד ששכרו לא יעלה על שכר המינימום.

מלגה לחברי ועד וחברי ועדת ביקורת – עמותה אינה רשאית לתת מלגות לחברי ועדת הביקורת או לקרוביהם.
באשר לחברי ועד וקרוביהם – ככל שמדובר בחלוקת מלגות שהיא אינהרנטית לפעילות העמותה
ומטרותיה, חברי הוועד וקרוביהם יהיו זכאים לקבלת מלגות, ככל שהם מקבלים מלגות בהתאם
לקריטריונים שוויוניים, מפורטים, עניינים ושקופים, ובכפוף לכך שהקריטריונים קיבלו אישור
של ועדת הביקורת, ולאחר מכן אישור האסיפה הכללית.
ככל שפחות ממחצית מחברי הוועד מעוניינים לקבל מלגות, על חברי ועד אלה להימנע מלהשתתף בישיבות בהם מתקיימים דיונים בנוגע לקריטריונים.

מלגה למוטב בלבד – בהתאם למדיניות רשם העמותות, לא יינתן אישור ניהול תקין לחל"צ, עמותות או מוסד ללא כוונת רווח, שמשלמים מלגות במזומן. מלגות חייבות להיות משולמות ע"י שיק "למוטב בלבד" למקבל המלגה בלבד. אם מקבל המלגה אינו יכול לקבל שיק למוטב בלבד מסיבה כל שהיא, הוא יכול לקבל את השיק "למוטב בלבד" ללא סימון "קרוס", או לקבלו על שם מישהו אחר, לאחר שהצהיר על כך בכתב ונימק די הצורך מדוע אין הוא יכול לקבל שיק על שמו. על העמותה להצמיד הצהרה זו לפירוט התשלום שבוצע למקבל המלגה.

גובה המלגה – ככלל, לא קיימת הגבלה כלשהי בחוק בנוגע לסכום המלגה שעמותה יכולה לחלק. יחד עם זאת, על גובה המלגות להיות סביר, אחיד ומאושר מראש בהתאם לקריטריונים מוגדרים, ברורים ושווים.
ככל שגובה השכר מתקרב לשכר המינימום הדבר יכול להתפרש בנקל כמשכורת "סמויה" שמשולמת בצורת מלגה כדי לחסוך במיסים או כדי להתגבר על בעיה אחרת.
אומדן מקובל לסבירות המלגה הוא שהמלגה תהיה עד סכום ההכנסה במדרגת מס ראשונה שאינה מחויבת במס לאחר מתן נקודות זיכוי.